Funakoshi urodził się w 1868 r., kiedy zaczęły się reformy okresu Meiji. Odebrał staranne, klasyczne wykształcenie. Pracował jako nauczyciel, a oprócz tego pilnie studiował karate. Oprócz mistrzów Azato i Itosu, pobierał lekcje m. in. u Kanryo Higaonny (zwanego też „Tonno”). Razem z innymi, uznanymi młodymi mistrzami, Yabu Kentsu i Chomo Hanashiro, pomagał Itosu we wprowadzaniu karate do szkół. Dzięki ich wytężonej pracy, szkoła powszechna w Shuri, Pierwsza Szkoła Średnia Prefektury Okinawa. Szkoła Średnia Handlowa oraz Kolegium Nauczycielskie, przyjęły karate jako oficjalny przedmiot nauczania w ramach wychowania fizycznego.
Nienaganne maniery i wykształcenie Funakoshiego spowodowały, że to jego wybrano jako przedstawiciela Okinawy na Ogólnojapoński Festiwal Sztuk Walki, który odbył się w 1922 r. w Tokio. Pokaz karate zrobił duże wrażenie na widzach. Funakoshi zaczął cieszyć się poważaniem, szczególnie w środowiskach akademickich. Zwłaszcza Jigoro Kano, twórca judo, był zaintrygowany karate i wspierał działalność Funakoshiego.
Gichin Funakoshi zaczął uczyć karate Japończyków. Żeby nastawić ich przychylnie, pozmieniał nazwy kata i niektórych technik z okinawskich, na bardziej japońskie (np. kata Pinan stały się Heian), dokonał wreszcie zmiany fundamentalnej: samą nazwę „karate” zaczął zapisywać innymi znakami. Wcześniej „karate” oznaczało „chińskie ręce” (znak „kara” odnosił się do chińskiej dynastii Tang), a po ingerencji Funakoshiego, „puste ręce” (przy takiej samej wymowie). Nowa nazwa przestała się negatywnie kojarzyć z Chinami, krajem w stanie upadku, a zaczęła z tradycją buddyjską, gdzie „pustka” jest jednym z kluczowych pojęć. 
Po pewnym czasie nawet mistrzowie z Okinawy zaakceptowali zmianę pisowni.
Działania Funakoshiego doprowadziły do tego, że w 1933 r. Dai Nippon Butoku Kai (Japońskie Stowarzyszenie Sztuk Walki ) uznało karate za sztukę walki będącą elementem dziedzictwa Japonii i jej tradycji samurajskich. Mistrz nie ustawał w promocji i nauczaniu sztuki karate: wydał dwie książki o karate („Tode jutsu”, „Karate-do Kyohan”), zakładał kolejne szkoły na uniwersytetach. W 1937 r. organizacje karate z Okinawy wstąpiły do Butoku Kai i na wyspie powołano filię stowarzyszenia. 
Do najsłynniejszych uczniów Funakoshiego można wówczas zaliczyć Hironori Otsukę (późniejszego twórcę karate wado-ryu) i Masatoshi Nakayamę, odpowiedzialnego za powojenny sukces karate. To Nakayama pierwszy zastosował w karate nowoczesną metodologię i wiedzę o anatomii oraz fizjologii ludzkiej.
W 1936 r. otwarto ufundowane ze składek i darowizn dojo „Shotokan”. „Shoto” (jap. sosnowa fala) był to pseudonim literacki Funakoshiego, zaś słowo „kan” oznaczało budynek. Z czasem nazwa Shotokan przylgnęła do całej szkoły Funakoshiego i jego kontynuatorów.
Wiele osób jest przekonanych o tym, że Gichin Funakoshi stworzył styl shotokan. To przekonanie jest nieuzasadnione, bo chociaż Funakoshi pozmieniał nazwy niektórych kata i technik oryginalnego, okinawskiego karate, to nie zmienił zasadniczo sposobu ich wykonania. Rewolucji dokonał jego syn, Gigo (Yoshitaka), który przybył do ojca w 1934 r. i od początku nauczał innych, bardziej dynamicznych i skuteczniejszych technik. Obniżył i wydłużył pozycje walki, co pozwoliło na ataki z większego dystansu. 
Osoba Yoshitaki związana była z najbardziej dynamicznym okresem rozwoju karate japońskiego. Właśnie wtedy, w 1936 r., gdy powstało Shotokan Dojo, japoński militaryzm osiągnął swoje apogeum. Ćwiczący karate przejawiali ekstremalnie bojowe nastawienie do treningu, dążyli do skuteczności w walce. W tym czasie Shotokan Dojo odwiedzało wielu młodych adeptów. Jednym z nich był sensei Taiji Kase.
W 1945 r. zmarł Yoshitaka (prawdopodobnie na gruźlicę), a Shotokan Dojo zostało zbombardowane. Niewielu uczniów Yoshitaki powróciło do Japonii po wojnie, a jeszcze mniej wróciło do treningu karate. Szczęśliwym trafem Taiji Kase przybył do Tokio i podjął studia na uniwersytecie Senshu. Szybko został kapitanem drużyny uniwersyteckiej.
Powojenne oblicze karate nie ma wiele wspólnego z tym, czego nauczał Gichin Funakoshi, chociaż on sam powrócił do Tokio. Był już wtedy w podeszłym wieku i pełnił rolę honorową i reprezentacyjną. Raczej nie miał wpływu na rozwój wydarzeń związanych z karate. Wśród mistrzów działających po wojennej zawierusze pojawiły się dwie odmienne koncepcje. Jedni chcieli powrotu do karate sprzed wojny, do czasów nauczania Gichina, gdzie karate bardziej przypominało gimnastykę, niż umiejętność bojową, a inni widzieli przyszłość karate w nowoczesnym wydaniu, jako dynamiczny sport lub utylitarną sztukę walki, wykształconą przez Yoshitakę. Doszło do rozłamu.
Jedna frakcja, określająca się jako shotokai, rozwijała swoistą sztukę dla sztuki, a przewodzili jej starsi mistrzowie, tacy, jak Egami, Obata, Oshima, Kamata, Hironishi, etc. druga, młodzi karatecy zgromadzeni wokół Masatoshi Nakayamy, powołała Japan Karate Association (JKA).
